地球がもはや生命体を維持できなくなった時、人類はコロニーと呼ばれる巨大な人工衛星を地球の近軌道に建設し、そこへと移住した。そして今、人類は種の存続のために宇宙への大規模な植民を開始し、各コロニーは自らの防衛のためN.O.V.A.すなわち「地球近軌道先遣隊同盟（the Near Orbit Vanguard Alliance）」を結成した。

そんなある日、人類を脅かす謎の存在が宇宙の闇から突如現れる・・・。1週間前に行方不明になっていた宇宙海兵隊の輸送船が突如現れ、全ての交信を無視して近軌道へ向かっているというのだ。

元宇宙海兵隊員のカル・ワーディンは、N.O.V.A.により強引に隊への復帰を命じられ、この輸送船の潜入捜査へと送り込まれる。だが、そこには未だかつて無い脅威が待ち受けていた。そしてそれは人類の存亡をかけた戦いのほんの序章に過ぎないことを、N.O.V.A.もカル・ワーディン自身も知る由もないのだった―。